El museo es idea original de Agustín Santarúa, Vigía Mayor, que La Cofradía hizo propia con tal entusiasmo, que pudiera afirmarse que ha servido de núcleo aglutinante y hasta de especial identificación de la propia Cofradía, traspasando una primera finalidad gastronómica con otras dedicaciones culturales.

En los estatutos de La Cofradía, constituida como asociación, se expresa nítidamente una de las causas por la cual se constituyó:"dar testimonio de amor a la mar y a sus gentes". Con tal vínculo es fácil entender que en el seno de La Cofradía surjan ideas como la del Museo y seguramente nacerán otras más con la misma vocación.

A los años 1989 y 1990 corresponde la maduración de la idea de creación de un Museo, su valoración, planificación y negociaciones con el Ayuntamiento de Castrillón, que desembocaron en la firma de un Protocolo creando la Comisión del Museo a través de la cual se formalizaron las necesarias autorizaciones administrativas municipales y del Ministerio. En este mismo período se consiguieron las colaboraciones del Instituto Europeo de Estudios Marítimos y de las primeras empresas privadas que aceptaron integrarse en la idea.

Las tramitaciones administrativas y especialmente las dificultades para conseguir patrocinadores, marcaron en ocasiones un ritmo lento al proceso operativo, pero en 1992, se entra en una fase de mayor dinamismo. La Cofradía recibe el busto en bronce, el cual, es valorado como la obra de más alta calificación artística y servirá de elemento dinamizador y tangible para incorporar nuevas empresas e instituciones para la consecución final del Museo.

En esta misma línea, La Cofradía estableció relaciones con la Fundación Cousteau y la Unesco con la activa intervención del por entonces Director General de la UNESCO, Federico Mayor Zaragoza.

La Cofradía presentó el día 14 de abril de 1992 en la sede oficial del citado organismo en París, toda una completa exposición sobre el Museo, destacando como pieza estelar el busto de Philippe Cousteau. Las autoridades de la UNESCO, la Presidenta de la Junta General del Principado de Asturias por aquel entonces, el Alcalde de Castrillón y los más de 100 cofrades y acompañantes que asistieron al acto, fueron testigos de la emoción del Comandante Cousteau y de la viuda de Philippe Cousteau ante la escultura, apreciándola tanto en el tema sentimental como en el creativo.

El año 1992 siguió siendo un año de intensa actividad. Obtenidas las últimas autorizaciones de la Demarcación de Costas, se entró en la fase de movimientos de tierras, excavaciones, cimentación y obra civil. Se concretaron nuevas colaboraciones empresariales para la fabricación de las velas en vidrio, marcos metálicos, anclajes, etc., y compromisos con los Alcaldes de San Sebastián, Bilbao, Santander, Gijón, Avilés y La Coruña en relación a las anclas.

En los años siguientes, entre 1994 y 1996, los esfuerzos están dedicados a la terminación de la segunda fase del Museo, constituida principalmente por el Templo de los Océanos.